Su sustrato morfológico se sustenta en la presencia de una inflamación crónica y difusa de la mucosa del intestino delgado y, a diferencia de la opinión anteriormente utilizada por los expertos de que se trataba de una enfermedad únicamente digestiva, actualmente se conoce que presenta una frecuente afectación sistémica, en la que se asocian síntomas muy variados, ya que se combina con otros procesos patológicos que incluyen diversos órganos y sistemas. No existe un patrón único definido, ni una clínica común para todos los pacientes, puesto que las presentaciones de la enfermedad son múltiples y muy variadas. Puede cursar con diarrea o estreñimiento, con clínica digestiva florida o sin síntomas digestivos, con pérdida de peso u obesidad, con retraso del crecimiento o crecimiento normal, con o sin abdomen abultado, con o sin procesos autoinmunes asociados, etc. Los casos de presentación clásica de la enfermedad, que incluyen manifestaciones de un síndrome de malabsorción grave con esteatorrea y signos de malnutrición, son prácticamente excepcionales, especialmente en niños mayores de 2-3 años y adultos. Incluso una parte de enfermos celíacos son completamente asintomáticos a nivel digestivo, por períodos de tiempo prolongados. El espectro de los cambios patológicos que se observa en el intestino delgado de un celíaco es muy amplio y no se limita, como tradicionalmente se pensaba, a la presencia de atrofia de las vellosidades intestinales, sino que comprende desde cambios mínimos, con cambios inflamatorios discretos o moderados, especialmente en los adultos. También a diferencia de la opinión anteriormente utilizada, cursa frecuentemente con serología negativa (ausencia de anticuerpos específicos en sangre), especialmente la anti-transglutaminasa, ya que está elevada en relación con la presencia de atrofia de vellosidades, que no se encuentra en jóvenes ni en adultos por lo general. El diagnóstico es más difícil en el adulto y niño mayor de 2-3 años, por tratarse en general de casos con una menor afectación digestiva, que con mayor frecuencia se asocian a síntomas no clásicos y pueden acompañarse de diversos procesos autoinmunitarios. Actualmente se diagnostican más pacientes celíacos en la edad adulta que en la infancia. El retraso medio en la enfermedad celíaca entre el comienzo de los síntomas y el momento del diagnóstico es habitualmente muy prolongado, con una media de unos diez años en la mayor parte de los casos, con límites amplios que pueden oscilar entre los 7 y los 59 años, período durante el cual los pacientes acuden a repetidas consultas de diversos especialistas, los cuales por lo general, no piensan que la celiaquía pueda ser la enfermedad que causa sus diversas molestias. Junto con la EC se presentan frecuentes situaciones, como puede ser la ferropenia crónica, anemia crónica refractaria, osteopenia u osteoporosis, dermatitis herpetiforme y otros tipos de dermatitis, diversas enfermedades neurológicas, hipertransaminasemia de origen no aclarado, procesos autoinmunes y alérgicos, cansancio excesivo, dolores musculoesqueléticos, etc. y como complicaciones más frecuentes la situación de refractariedad y la presencia de tumores malignos del intestino delgado tales como el linfoma de células T y el adenocarcinoma. Asimismo se han descrito tumores orofaríngeos y esofágicos, y cánceres de colon, hepatobiliares y de páncreas, con un riesgo ligeramente aumentado con respecto a la población general para la mayoría de ellos.
